Στους παλαιοχριστιανικούς χρόνους χρησιμοποιήθηκε πιθανότατα ως Βαπτιστήριο και τον 5^ο η 6^ο αι. μετετράπη σε χριστιανική εκκλησία και το ευρισκόμενο στην αρχή της οδού Αιόλου (Ρωμαϊκή Αγορά) Ωρολόγιο του Κυρρήστου, το γνωστό περισσότερο ως ναός του Αιόλου η «Αέρηδες». Αυτό το μαρτυρούν τόσο οι ισοσκελείς σταυροί που έχουν λαξευθεί στις δυτικές παραστάδες του, όσο και χριστιανικοί τάφοι που ανεσκάφησαν στον περίβολο του. Διατηρήθηκε ως εκκλησία τουλάχιστον ως τον 15ο αι. Στους παλαιοχριστιανικούς χρόνους πιθανότατα χρησιμοποιήθηκε ως εκκλησία και το αρχαίο Αγορανομείο, που σωζόταν όρθιο εκεί κοντά.

Ας σημειωθεί ότι το κτίσμα αυτό, που έχει μορφή οκταγωνικού πύργου, ίδρυσε γύρω στο 50 π.Χ. ο αστρονόμος Ανδρόνικος Κυρρήστης (από την Κύρο της Β. Συρίας) ως μετεωρολογικό σταθμό και ρολόι για τη Ρωμαϊκή αγορά που βρισκόταν εκεί κοντά. Στα χρόνια της Τουρκοκρατίας μετεβλήθη σε τεκέ (μουσουλμανικό παρεκκλήσι), γεγονός που το διέσωσε από την αρπακτική μανία του Έλγιν.